Horfðu í svepparíkinu, neyðartilvik gerðist aftur - Peach Princess var rænt. En að þessu sinni hefur vondi Bowser ekkert með það að gera, enda kemur það ekki á óvart. Aumingja var dreginn í burtu af vondum draug og flaug í burtu með gíslinum til myrkra hliðar í allt öðrum heimi, en tilheyrir ekki þeim sem Mario býr í. Hugrakkur pípulagningarmaðurinn verður að fara inn í heim Minecraft og finna mannræningjann. Þegar hann er kominn á erlent landsvæði mun Mario verða eins og íbúar í blokkinni og það kemur ekki á óvart, hann hefur enga þörf fyrir að skera sig úr. Hjálpaðu hetjunni í Super Mario MineCraft Runner þjóta meðfram langri braut með hindrunum sem safna mynt.
