Í nýjum Ninja vs Ninja leik muntu fara í heiminn þar sem fólk í kassanum býr. Það er stríð á milli tveggja skipana Ninja og þú munt taka þátt í einum þeirra. Persóna þín er rauður kassi maður. Hann verður í herberginu þar sem andstæðingur hans er blár. Milli þeirra verða staðsettar ýmsar hindranir og gildrur. Þú verður að leiðbeina persónu þinni í gegnum allar þessar hættur og ráðast á andstæðing þinn. Notaðu ýmis kastvopn eyðileggur þú óvininn og færð stig fyrir það.
