Yfirmaður ninja skipunarinnar fyrirskipaði keisaranum stríðinu í Kyoto að síast inn á yfirráðasvæði óvinarins og stela leyniskjölum. Þú í leiknum Angry Ninja mun hjálpa hetjunni að klára þetta verkefni. Áður en þú birtir þig á skjánum mun persóna þín sjást standandi á ákveðnum tímapunkti. Í ákveðinni fjarlægð verður andstæðingur hans. Með því að smella á skjáinn verður þú að reikna út braut stökk karakterans þíns og senda hann fljúgandi. Ef þú tókst mið af öllum breytum rétt, þá mun kappinn þinn fljúga í ákveðinni fjarlægð og rekast á óvininn. Svo þú eyðileggur það og færð stig.
