Í nýjum Mr Ninja Fighter leik muntu fara til Japans forna og mun hjálpa hinni hugrökku Ninja stríðsbaráttu gegn gengjum ræningja. Persóna þín verður að fara til afskekktra héraða í landinu og eyða öllum gengjum glæpamanna þar. Áður en þú á skjánum birtist persóna þín vopnuð sverði. Hann mun hlaupa fram á við. Á leið sinni munu falla ýmsir dýfar í jörðina og gildrur. Þú verður að nota stjórnartakkana til að láta karakterinn þinn hoppa yfir þá alla. Þegar þú hittir óvininn skaltu slá hann með sverði þínu og tortíma óvinum.
