Útlendingur að nafni Zim og vélmenni Gear hans búa nú þegar meðal manna í nokkurn tíma, upphafsáætlunin til að fanga plánetuna mistókst og geimverurnar urðu að laga sig að jarðnesku lífi. Zim byrjaði að fara í skóla, en yfirgaf rándýr áætlanir sínar. Gere, eins og allir vélmenni, verður að hlýða eigandanum, en hann tekst ekki alltaf, því að í höfðinu á hann fullt af rusli í stað gáfur. Í aðdraganda hrekkjavökunnar hafði hetjan annað plan og fyrir þetta fór hann í aðdráttaraflið Room of Fear. Hjálpaðu honum að ljúka nokkrum verkefnum, þar af leiðandi tekst hann ekki, en ferlið í Invader Zim DOOM er mikilvægt fyrir þig.
