Ben 10 er ekki ókunnugur komu annarrar búðar af geimverum sem vilja róga jarðarbúa. En í þetta skiptið í Ben 10 Omnitrix Shadow urðu hlutirnir miklu alvarlegri. Geimverurnar voru leiddar af riddara í svörtu herklæði, hann hleypti straumi af orku inn í Ben og smitaði gaurinn af dökkri orku. Þá fóru boðberar fljótt af stað. Dökk vírus hefur fest sig í hetjunni, sem með tímanum mun gera hann að illu skrímsli, eins og allir þeir sem eru í omnitrix. Til að laga ástandið og losna við vírusinn þarftu að finna þremenningana þrjá og eyða þeim. Hjálpaðu persónunni að verða sjálfan sig aftur og koma í veg fyrir umbreytinguna.
