Á einni af hnöttunum sem týndust í geimnum var leynileg rannsóknarstofa þar sem vísindamenn gerðu tilraunir með fanga sem sáðu þá með framandi genum. Þannig að þeir gátu búið til skrímsli sem brutust laus og eyðilögðu næstum allt starfsfólk stöðvarinnar. Persóna þín í Doom Dr Scifi gat lifað af í þessari kjötmölun. Nú þarftu að hjálpa honum að komast úr grunninum og tilkynna hvað varð um jörðu. Hetjan þín mun þurfa að fara í gegnum göng og herbergi stöðvarinnar og berjast við skrímsli. Þú þarft að skjóta vopnin þín nákvæmlega til að eyða öllum skrímslunum sem þú hittir.
