Í sögu Secret Lagoon hittast þú Paul. Hann er þriðja kynslóð sjómaður og ferðast oft á litlum bát undir siglinu. Hetjan elskar að kanna nýjar staðir og fara langar ferðalög. Í þetta sinn var hann stórkostlegur heppinn, hann fann lón, sem er ekki merktur á hvaða korti sem er. Það virtist skrítið, vegna þess að það var nánast engin hvít blettur, allur eyjan var merkt og rannsökuð og af einhverri ástæðu saknaðu þeir þessa lón. Skipstjórinn fer að akkeri og kanna staðinn í smáatriðum. Hann vill finna út af þeim sem fundust sem voru hér fyrir honum og af hverju það er nú yfirgefið.
