Í pixlaheiminum hófst endir heimsins. Það er ekki vitað hvar hjörð lifandi dáða kom frá, sem nú ráðast á litlum borgum og drepa fólk og breyta þeim í svipaðar. En þar voru hugrakkir menn í heiminum sem tóku vopn til að verja uppgjör þeirra. Þú í leiknum Pixel Shot verður einn af þeim. Karakterinn þinn verður að hlaupa um götur bæjarins og finna allar zombie. Með hjálp öflugra vopnanna mun hann skjóta á þá geta eyðilagt öll skrímsli. Á leiðinni verður hann að safna ýmsum hlutum sem munu hjálpa honum í baráttunni gegn lifandi dauðum.
