Aliens frá samhliða heimi ráðist inn á einn af plánetunum í pixlaheiminum. Þeir birtast frá gáttinni staðsett í loftinu og byrja að mynda bardagaformana. Flugvélar á jörðinni voru varðveittir. Þú í leiknum Pixel War mun þjóna sem bardagamaður flugmaður. Þú verður að fljúga á skipinu til að hitta óvininn og taka þátt í bardaga. Með miklum maneuvering á skipinu, verður þú að skjóta frá byssunum þínum og eyða öllum keppinautum. Því meira sem þú drepur þá, því fleiri stig sem þú færð.
