Þegar hellish hliðin hafði þegar tekist að læsa upp, en illir andar skildu ekki von á að losa sig aftur og þau náðu eftir margra ára skeið. Í þetta sinn opnuðu þeir Portal á Mars í þeirri von að menn gætu ekki fundið það strax. En Mars hefur þegar verið nýlenda, fjölmargir líffræðilegir rannsóknarstofur hafa sett sig á það og fjöldi vísindamanna hefur verið að vinna, allir þeirra hafa orðið fyrir grimmilegum árásum á skrímsli. Þreytandi lið þitt verður að eyða skrímslunum í Doom 3, og þú þarft ekki að taka reynslu. Farðu á rauðu plánetuna og vertu varkár, skrímslarnir verða betri og sterkari.
