Í fornu Japani var röð Ninja Warriors sem barðist fyrir ýmsum óvinum ríkisins og skrímsli. Í dag erum við í leiknum Ninja Defender munum við hjálpa eitt stríð til að komast inn í musterið og uppfylla verkefni höfuðs hans. Hetjan okkar, sem ferðast um musterið, kemst inn í sölurnar. Hann verður ráðist af ýmsum skrímsli. Eðli okkar mun nota vopn mjög eins og boomerang. Flicking það inn í óvininn, munum við högg hann, og þá mun mótmæla fljúga aftur. Við verðum að færa stafinn þannig að hann repulsed það og þannig kastaði aftur. Ef við höfum ekki tíma til að gera þetta, munum við missa vopnið og missa umferðina.
