Bear Banjo, ásamt systur sinni, býr í djúpum skóginum. Eins og einn daginn vaknaði karakterinn okkar og komst að því að yngri systir hans vantaði. Nú í leiknum Banjo-Kazooie munum við hjálpa honum að finna hana. Fyrir hjálp, eðli okkar sneri sér að galdur fuglinn Kazue. Eftir töfrum trúarlega, tók hún slóðina og flaug meðfram henni. Nú ertu að keyra hetjan verður að hlaupa eftir henni án þess að falla á bak. Verið varkár á leiðinni sem þú munt hafa gildrur og þú ert að keyra hetjan verður að þvinga þá til að hoppa yfir þau. Stundum getur þú lent í mismunandi árásargjarnum skrímsli og þú verður að eyða þeim.
