Í fornu Japani var stöðugt stríð milli tveggja kasta af stríðsmönnum - Samurai og Ninja. Þú í leiknum Ninja Runner mun berjast á hlið Order Ninjas. Persónan þín fékk pöntun frá yfirmanni til þess að stunda könnun í einum skóg, þar sem samurai losunin getur falið. Hetjan þín þoldi hugrekki inn í skóginn og hljóp meðfram leiðinni. Margir hættur og gildrur bíða eftir honum á leiðinni. Þú stjórnar persónu þinni verður að láta hann hoppa og ekki falla í þessar gildrur. Ef þú rekst á óvini hermanna verður þú að eyða þeim öllum með hjálp sverðs. Bara safna hinum ýmsu hlutum sem falla í vegi hans.
