Á meðan Mario var að vinna frá Bowser ástkæra prinsessu sinni í borginni, byrjaði flóðið. Taka stjórn á aðgerðum Mario úr leiknum Mario Jump í þínar hendur, annars hetjan þín mun deyja án þess að skilja ástandið. Hoppa úr einum vettvang til annars og vertu viss um að það falli ekki í laugina.
